Automates cellulaires

Ce sujet, issu d'une collaboration entre le LIMOS et le LPC, s'inscrit dans une démarche de recherche permettant la mise en synergie des domaines de la biologie, de la physique et de l'informatique par la proposition d'une démarche de simulation permettant la réalisation d'expériences in silico. Pour cela, nous nous proposons de développer une plateforme logicielle dédiée à la modélisation multiéchelle des systèmes biologiques, qui pourra par la suite être interfacée avec les outils de simulation de physique des particules, ainsi qu'un modèle individu-centré de cellule biologique paramétrable à l'aide de données obtenues d'expériences in vitro. Nous présentons l'élaboration de cette plateforme et la démarche de validation de ses fonctionnalités à travers l'implémentation de modèles d'automates cellulaires de la littérature. Nous présentons ensuite la construction du modèle de cellule en prenant le temps d'expliquer comment est pris en compte le système biologique, comment nous le modélisons puis comment nous paramétrons le modèle. Le modèle est alors utilisé pour retrouver les courbes de croissance d'une population de bactéries E. coli en utilisant des données de fluxomique.